De bovenbouw van het havo en vwo heet de tweede fase. In deze tweede fase kiezen leerlingen uit vier profielen en verschillende keuzevakken. Een profiel is een combinatie van vakken met een herkenbaar etiket: Cultuur & Maatschappij, Economie & Maatschappij, Natuur & Gezondheid en Natuur & Techniek.

Daarnaast is een aantal vakken voor alle leerlingen van de opleiding verplicht (het 'gemeenschappelijk deel'). Verder mogen scholen nog andere programma’s aanbieden zonder examen. In de schoolgids staat precies uitgelegd wat er te kiezen valt, en wat de bijzonderheden zijn die de RSG aanbiedt (zoals filosofie of informatica als examenvakken, of de nieuwe vakken 'Natuur, Leven en Technologie' (NLT) of 'Bewegen, Sport en Maatschappij (BSM)).

Sommige vakken worden afgesloten met een Centraal Examen (landelijk gelijk voor alle leerlingen), andere kennen alleen een Schoolexamen. Niet alle vakken zijn even groot. Sommige kleinere vakken, zoals CKV en Maatschappijleer, duren dan ook maar 1 jaar. Maar alle examenvakken komen (soms als combinatie) op de uiteindelijke cijferlijst te staan en tellen mee voor het eindexamen.