De eerste drie leerjaren heet tegenwoordig weer de onderbouw. In die periode leren de leerlingen van alles. Dan gaat het niet alleen om vakken, maar ook om vaardigheden zoals onderzoek doen, samenwerken, presenteren. De RSG kent daarnaast 'samenhangende leeropdrachten'. In de vorm van bijvoorbeeld projecten, workshops, gerichte excursies, ga je op een andere manier met de vakken om. Vooral leer je inzien dat het niet om losse vakken gaat, maar dat er allerlei verbanden bestaan.
Er is naast vaklessen ook ruimte voor begeleiding, of steunlessen. Bij de brugklassen zijn er mentorlessen waarin de leerlingen met allerlei zaken vertrouwd worden gemaakt, zoals het invullen van je agenda, het interpreteren van het rooster, maar ook het op een behoorlijke wijze omgaan met elkaar. Ook zijn er in de brugklassen lessen waarbij de leerlingen ‘leren leren’, allerlei studievaardigheden dus. In de mavo-stroom is er extra aandacht voor het maken van het zogenaamde sectorwerkstuk. Voor een beperkte groep leerlingen die moeite hebben met lezen en spellen is er les in de vorm van Remedial Teaching of Nederlands als tweede taal (NT2). (zie daarvoor ook onder leerlingbegeleiding).
In de onderbouw krijgt iedereen dezelfde vakken maar de moeilijkheidsgraad, het tempo en soms de aanpak per klas of jaarlaag van een afdeling verschillen. De leerlingen in klas 2 en 3 van het (t)vwo kunnen kiezen voor het (extra) vak ‘Latijn en cultuurgeschiedenis van de oudheid’
Klas 3H en 3V “op naar de tweede fase”
Het derde leerjaar havo of vwo is een schakeljaar gericht op de tweede fase. De manier van werken wordt wat anders, de leerlingen plannen meer zelf. Toetsen gaan over grotere hoeveelheden. Er is veel aandacht voor het kiezen van het vakkenpakket in de vierde klas. Leerlingen van de beide locaties gaan verschillende activiteiten met elkaar ondernemen zoals projecten waarbij je goed moet samenwerken. Vierde klassers die van de RSG Levant afkomstig zijn nemen in het kader van een “buddy project” derde klassers uit Zeewolde onder hun hoede om ze duidelijk te maken hoe het in de bovenbouw in Harderwijk toegaat.